Летом 1867 года дирекция сообщила, что, кроме основных учеников, в консерваторию будут приняты «вольные слушатели». Большие расходы консерватории были связаны с переездом в 1871 году в новое здание. Кроме музыкальных предметов, в консерватории были открыты общеобразовательные («научные») классы, имевшие целью пополнить знания учащихся.
Русские ведомости» поместили статью, в которой сообщалось о предполагаемом открытии консерватории в Москве и подчёркивалось всероссийское значение будущего учреждения. Все эти выступления в прессе свидетельствовали, что передовые московские круги понимали общественно–полезное значение будущей консерватории.
Дело музыкального образования в Москве должно будет развиваться с помощью самого московского общества. В течение зимы и лета 1866 года Москва стала деятельно готовиться к открытию нового учебного заведения.
Нужно было заключить контракт с владельцем здания, пригласить учителей, организовать первый приём в консерваторию…. Настало 1 сентября 1866 года — день открытия новой консерватории. Преподавание в исполнительских классах было разделено между профессорами и адъюнктами (ассистентами). После ухода Шрадика был приглашён И. В. Гржимали, впоследствии заменивший Лауба. Некоторое время в консерватории работал A. Д. Бродский.
В 1870/71 году курс контрапункта стал обязательным только для учеников специального теоретического отделения консерватории, остальные проходили его в факультативном порядке. Особое внимание привлекал новый предмет, введённый в Московской консерватории, — история церковного пения в России.
С первых лет существования Московской консерватории были заложены основы одной из существеннейших сторон профессионального обучения — производственной практики ученика. Хоровой класс в консерватории, готовивший учеников к участию в профессиональных хорах, начинался с переходом ученика в класс гармонии.
В прессе тех лет нередко критиковалась организация учебного дела в консерватории. В городских общественных кругах стали упорно говорить о закрытии консерватории. Рассматривая Устав Московской консерватории 1866 года и контракты с профессорами, которые заключала дирекция РМО, можно убедиться, что условия работы молодого учебного заведения были трудными.
Недостаточно было получить разрешение правящих кругов (хотя и это представляло свои трудности),— нужно было найти материальные ресурсы для существования консерватории. Возникла мысль об общественной подписке, причём не только в Москве, но и в провинции. Учредители будущей консерватории рассудили, что её центральное положение привлечет даровитую молодёжь из провинции и новое учреждение получит всероссийское значение.
Газета также ставила вопрос о подписке и общественной поддержке консерватории, ссылаясь пример городов Германии, помогающих своим музыкальным училищам. Директором был назначен Н. Г. Рубинштейн. Много хлопот выпало на долю группы учредителей и, прежде всего, Н. Г. Рубинштейна, полностью захваченного сложными административными и материальными заботами.
Кроме будущих учеников и учителей, присутствовало большое число людей, сочувствовавших новому делу. Главные инициаторы её открытия выступили с речами. Большую речь произнес В. Ф. Одоевский, избравший своей темой будущее развитие научной деятельности консерватории, в частности изучение русского народного творчества. Первое заседание Совета профессоров консерватории состоялось 27 сентября 1866 года под председательством Н. Г. Рубинштейна.
Консерватория была вынуждена принимать в число учеников не только тех, которые впоследствии могли бы стать музыкантами–профессионалами. В первом же учебном году были составлены программы по классам пения, фортепиано, элементарной теории, гармонии и другим предметам. В начале 70-х годов Московское отделение РМО находилось в состоянии непрерывного дефицита, причиной которого были расходы на содержание консерватории. С середины 70-х годов стабилизируется и внутренняя жизнь консерватории.